改善点がありました。

それは、「改頁機能について」です。
以前は、「改頁する為には、目次レベル１の前でファイルを分割する機能があるので、それを使って改頁する」というテクニックを利用していましたが、今回改頁記号の所で改頁される事が判りました。

ただし、ePub3形式からmobi形式に変換かけると、物理目次は表示できませんでした。これを表示する為には、ePub側に小細工してから、となるようです。